由中国植物病理学会植物病毒专业委员会和云南农业大学植物病理重点实验室联合组织召开的“第三次全国植物病毒与病毒病防治研究学术会议”，于2003年11月19—21日在云南农业大学召开。彭于发副理事长代表中国植物病理学会致辞，并就《转基因植物安全性问题》作了大会报告。会议期间，与会代表到云南农业大学植物病理重点实验室参观。
大会有来自全国教学、科研、生产部门共45个单位的91位代表参加。15位代表做了大会报告，23位代表在大会上发言。大会气氛十分热烈。
本次会议共收到115篇论文全文或摘要，涉及农作物、花卉、果树、烟草、蔬菜等50多种植物约60余种病毒，基本上反映了我国当前植物病毒与分子病毒学的研究水平及植物病毒病防治研究中的新挑战、新进展。如已成功地构建了双生病毒番茄黄化曲叶病毒和烟草曲茎病毒云南分离物的侵染性克隆，初步研究了两种病毒与卫星分子的相互作用；在国际上率先测定了烟草丛顶病毒中国分离物的全长序列及基因组编码的开放阅读框架；对正向和反向RNA介导的抗PVY进行了比较研究；对甜菜黑色焦枯病毒基因组及其卫星RNA的结构和功能进行了研究；构建了水稻黄矮病毒反向遗传学体系，研究了P3、P6蛋白功能；分析了广东香蕉束顶病毒Ns和Nsp株系病毒RNA序列；从分子水平上研究了水稻条纹叶枯病毒的群体遗传学；分离纯化了麦二叉蚜体内与传播大麦黄矮病毒的传播相关蛋白并测定了N端氨基酸序列。另外，在花生病毒病、葡萄卷叶病的病原研究方面取得了新进展；培育出抗小麦黄花叶病毒转基因小麦；并在分离、克隆植物源抗病毒蛋白及植物病毒治疗剂等方面进行了有益的探索。
与会代表认为这次会议是一次难得的相互学习的机会，将有利于提高我国植物病毒与病毒病防治研究水平。与会代表感谢云南农业大学植物病理重点实验室为成功召开此次会议所付出的辛勤劳动。大会确定2005年的第四次全国植物病毒与病毒病防治研究学术会议将由西北农林科技大学承办。